Francisco de Borja Fernández Fernández (14 gennaio 1981 a Ourense) è un ex calciatore spagnolo.
Carriera da giocatore
Il galiziano di nascita Borja Fernández ha attraversato tutte le categorie giovanili del Real Madrid. Ha giocato per la squadra C nella Tercera División (2000/01), per la squadra B nella Segunda División B (2001-2003) e successivamente anche per la prima squadra (2003-2006). Borja ha calcato i campi da gioco per i "Blancos" quattro volte nella UEFA Champions League nella stagione 2003/04. Nella stagione 2005/06 è stato prestato al concorrente di prima divisione RCD Mallorca, dove però, così come a Madrid, non è riuscito a conquistarsi un posto da titolare.
Per questo motivo, il centrocampista ha deciso di passare al Real Valladolid, squadra di seconda divisione, dove è riuscito a guadagnarsi un posto da titolare e ha contribuito alla promozione in prima divisione nella stagione 2006/07. Dopo quattro anni, ha lasciato il Valladolid, che era appena retrocesso in seconda divisione, per unirsi al FC Getafe, squadra di prima divisione. Nella stagione successiva è passato al Deportivo La Coruña, squadra di seconda divisione, con cui è riuscito a ottenere la promozione in Primera División. Successivamente è tornato al Getafe. Dopo due anni nella massima serie spagnola, Borja è passato all'Atlético de Kolkata, squadra della neo-costituita Indian Super League, dove si è immediatamente aggiudicato il titolo di campione con la squadra.
Dopo la stagione, tornò in Spagna e firmò un contratto con il SD Eibar.
Il 29 maggio 2019 è stato arrestato con l'accusa di aver manipolato partite di calcio delle leghe professionistiche spagnole.