Emerson è stato un calciatore brasiliano che ha giocato per varie squadre in diverse competizioni durante la sua carriera. Ha iniziato la sua carriera nel 1996/97 con il Colo-Colo, dove ha giocato sia nella Copa Libertadores che nella Libertadores Supercup. Durante la Copa Libertadores, ha giocato 10 partite e ha ricevuto un cartellino giallo e un cartellino rosso. Nella Libertadores Supercup ha giocato una partita.
Nel 1997/98 Emerson è rimasto al Colo-Colo, disputando ancora una volta la Copa Libertadores. In questa edizione ha giocato 7 partite e ha segnato 1 gol.
Nella stagione successiva, nel 1998/99, Emerson ha lasciato il Colo-Colo per giocare nella Serie A italiana con il Perùgia. Tuttavia, ha avuto una stagione limitata a causa di infortuni e ha giocato solo 2 partite.
Nel 1999/00, Emerson è tornato in Sud America per giocare con il Colo-Colo nella Copa Mercosur. In questa competizione ha giocato 2 partite e ha segnato 2 gol, dimostrando di essere un talento offensivo anche come centrocampista difensivo. Ha anche ricevuto un cartellino giallo in questa competizione.
Nel 2000/01, Emerson ha giocato nella Série A brasiliana con il Botafogo SP, dove ha giocato 8 partite.
Successivamente, nel 2001/02, Emerson si è trasferito all'EC Juventude, sempre nella Série A. Ha giocato 8 partite con questa squadra.
Nel 2003/04, Emerson ha fatto un cambio di continente per giocare nella Liga MX Clausura con il Monterrey. Ha giocato 9 partite e ha ricevuto un cartellino giallo durante questa stagione.
Infine, nel 2005/06, Emerson ha concluso la sua carriera con l'Unión Española nella Copa Libertadores. Ha giocato 5 partite, segnando 1 gol e ricevendo 2 cartellini gialli.
Nonostante non abbia raggiunto importanti trofei individuali o di squadra durante la sua carriera, Emerson ha dimostrato la sua duttilità passando attraverso diverse competizioni e campionati in tutto il mondo. La sua abilità nel segnare gol come centrocampista difensivo lo ha distinto e ha contribuito al successo delle squadre in cui ha giocato.