José Pérez è un calciatore costaricano che ha iniziato la sua carriera nel 2009/2010 con la squadra di San Carlos. In quella stagione ha giocato 14 partite e ha ricevuto 4 cartellini gialli. Ha continuato a giocare con San Carlos nell'Apertura 2010/2011, giocando 2 partite, e nel Clausura 2010/2011, giocando una partita.
Nel 2011/2012 ha giocato per la squadra di Orión FC nel Clausura, partecipando a 9 partite e ricevendo un cartellino giallo.
Nel 2012/2013 è tornato a giocare per San Carlos, giocando 4 partite nell'Apertura e 8 partite nel Clausura. Ha ricevuto un cartellino giallo in entrambi i campionati.
Nelle stagioni 2013/2014 e 2014/2015 è stato un giocatore chiave del Santos de Guápiles. Nel Clausura 2013/2014 ha giocato 18 partite, segnando 2 gol e ricevendo 5 cartellini gialli e un cartellino rosso. Nell'Apertura 2013/2014 ha giocato 11 partite. Nel Clausura 2014/2015 ha giocato 23 partite, segnando 1 gol e ricevendo 4 cartellini gialli. Nell'Apertura 2014/2015 ha giocato 22 partite, segnando 1 gol. Ha inoltre partecipato alla Coppa di Costa Rica nel 2014/2015, giocando una partita e segnando un gol.
Nelle stagioni successive ha continuato a giocare nel campionato costaricano. Nel Clausura 2015/2016 ha giocato 10 partite con il CS Cartaginés e nell'Apertura 2015/2016 ha giocato 9 partite con il Santos de Guápiles, segnando 1 gol e ricevendo un cartellino giallo.
Nella stagione 2016/2017 ha giocato 15 partite nell'Apertura con il CS Cartaginés e 10 partite nel Clausura con la stessa squadra.
Nella stagione 2017/2018 ha iniziato a giocare per il CD Marathón nell'Apertura del campionato dell'Honduras, giocando una partita. Successivamente è tornato in Costa Rica per giocare nel Clausura 2017/2018 con il CS Cartaginés, giocando 7 partite, segnando 1 gol e ricevendo 4 cartellini gialli.
Nella stagione successiva, è tornato a giocare con il CS Cartaginés nel Clausura 2018/2019, giocando 10 partite e ricevendo un cartellino giallo. Nell'Apertura 2018/2019 ha giocato 3 partite con San Carlos.
Nella stagione 2019/2020 ha iniziato con il CS Cartaginés nel Clausura, giocando 11 partite, segnando 2 gol e ricevendo 2 cartellini gialli. Successivamente è passato al Xelajú nel Clausura del campionato guatemalteco, giocando 11 partite e segnando 2 gol.
Nella stagione 2020/2021 ha giocato per il Jicaral Sercoba nel campionato costaricano. Nell'Apertura ha giocato 4 partite e nel Clausura ha giocato 19 partite, segnando 2 gol e ricevendo 2 cartellini gialli e un cartellino rosso.
Nella stagione attuale, 2021/2022, ha iniziato a giocare per il San Carlos nell'Apertura del campionato costaricano, giocando 2 partite fino ad ora.