Jonathan Caruana (24 luglio 1986) è un calciatore maltese.
Caruana ha iniziato la sua carriera nel 2003 con grande successo all'Hibernians Paola nella Premier League maltese. Nella stagione 2005/06 è stato prestato brevemente al FC Mosta. Alla fine della stagione 2008/09 ha vinto il suo primo campionato con la sua squadra. Nel 2010 si è trasferito al FC Valletta, con cui ha conquistato altre cinque vittorie in campionato. Nel 2017 è stato squalificato per quattro anni a causa di doping. Dopo un anno, la squalifica è stata revocata e Caruana è tornato al FC Valletta. Finora ha giocato 44 partite internazionali per la nazionale maltese, a partire dal 2008.