Juan Manuel Vargas Risco (5 ottobre 1983 a Lima) è un calciatore peruviano che gioca per l'Universitario de Deportes. La sua posizione preferita è quella di esterno sinistro.
Vargas ha iniziato la sua carriera presso il recordman peruviano Universitario de Deportes. Nel gennaio 2005 si trasferì in Argentina e giocò per il CA Colón nella Primera División. Nella stagione 2006/07 Vargas si trasferì al neopromosso Catania Calcio in Serie A, dove riuscì a salvarsi due volte dalla retrocessione. Il 5 luglio 2008 firmò con l'AC Firenze, con cui partecipò alle edizioni 2008/09 e 2009/10 della UEFA Champions League. Nella stagione 2012/13 Vargas fu prestato al CFC Genova.
Vargas ha debuttato il 13 ottobre 2004 nella partita di qualificazione ai mondiali contro il Paraguay nella nazionale di calcio peruviana. Il suo primo gol lo ha segnato il 12 settembre 2007 nella partita amichevole contro la Bolivia. Alla Copa América del 2011 e del 2015, ha raggiunto il terzo posto con il Perù.