Peter Martin Hoekstra (4 aprile 1973 ad Assen) è un ex calciatore olandese.
Hoekstra ha iniziato la sua carriera nelle giovanili del PSV Eindhoven. Nel 1991 ha debuttato nel calcio professionistico durante la partita di campionato tra PSV Eindhoven e FC Utrecht. Nel 1992 ha vinto il campionato olandese con il PSV Eindhoven, mentre nel 1996 e nel 1998 ha ottenuto successi con l'Ajax Amsterdam.
L'attaccante ha disputato un totale di cinque partite internazionali per la nazionale olandese. Hoekstra è stato convocato per la squadra olandese al Campionato Europeo del 1996 e ha giocato due volte.
Nel 2004, Peter Hoekstra ha terminato la sua carriera calcistica.
Nella stagione 2008/09 ha lavorato come allenatore giovanile del FC Groningen.