Silvan Aegerter (5 maggio 1980 a Grenchen) è un calciatore svizzero.
La sua posizione è il centrocampo. Aegerter ha già giocato per il FC Grenchen, così come per la squadra Under-21 del FC Basilea. Con il FC Thun e il FC Zurigo ha giocato in UEFA Champions League, nella Coppa UEFA, nella Coppa delle Coppe UEFA e nella Super League. È quindi uno dei pochi giocatori svizzeri che ha avuto l'opportunità di giocare due stagioni come titolare in UEFA Champions League. Nella primavera del 2007, è stato uno dei molti giocatori che sono stati sbarcati dal FC Thun senza una ragione valida e sono stati costretti a lasciare il club. Solo pochi giorni dopo ha firmato un contratto con il FC Zurigo fino all'estate 2012. Nella stagione 2012/13 si è trasferito dal FC Zurigo al FC Lugano. Durante la pausa invernale del 2013/2014, Aegerter ha concluso la sua carriera da professionista e si è trasferito al FC Münsingen.