Stefan Huber (14 giugno 1966 a Zurigo) è un ex calciatore svizzero.
Stefan Huber ha imparato il suo mestiere presso il FC Unterstrass a Zurigo. La sua carriera iniziò poi nel 1984 presso il Grasshopper Club Zurigo. A causa delle sue reazioni molto rapide e riflessive, presto divenne noto tra i suoi compagni di squadra e i tifosi come "Pantera".
Nel 1988 passò al Lausanne-Sports, dove giocò per cinque anni. Nel 1993 firmò per il FC Basel, che all'epoca era appena salito in Nationalliga A, dove giocò per sei anni. Nel 1999, il FC Basel scambiò Huber con Pascal Zuberbühler, ex portiere dei Grasshopper. Huber giocò per i Grasshopper fino al 2002, diventando poi allenatore dei portieri. Mantenne questa posizione fino al 2007.
Stefan Huber ha inoltre giocato per la nazionale svizzera di calcio 16 volte tra il 1991 e il 1999.
Dal dicembre 2020, Stefan Huber è l'allenatore dei portieri dell'Under 17 del FC Zurigo.