Henrik Clausen (nato il 3 maggio 1971) è un allenatore di calcio danese. Attualmente lavora come responsabile dell'accademia del club norvegese FK Haugesund. In particolare, Clausen è stato l'allenatore dell'Odense Boldklub (OB).
La sua carriera da giocatore si concluse nel 1990, quando Clausen aveva 19 anni, a causa di un infortunio.
Nel 1994, ha iniziato a allenare e ha lavorato principalmente con l'Odense BK per la maggior parte della sua carriera. Il 7 novembre 2010 è stato nominato nuovo allenatore della squadra del Superliga dell'Odense BK. L'OB ha fatto bene dopo il suo incarico, finendo al secondo posto dietro al F.C. Copenhagen nella stagione 2010-11, ottenendo la qualificazione per la UEFA Champions League. Tuttavia, i risultati nella stagione successiva sono stati contrastanti e Clausen è stato licenziato dall'OB il 26 marzo 2012 dopo una vergognosa sconfitta in casa per 2-4 contro l'HB Køge.
Il 12 giugno 2013 venne designato nuovo allenatore della Nazionale danese di calcio Under-18. Nel novembre 2015 divenne assistente allenatore della Nazionale danese di calcio Under-21.
Ha una laurea in chimica e sport.