Emanuele Filippini (7 marzo 1973 a Brescia, BS) è un ex calciatore italiano e l'attuale allenatore.
Filippini ha giocato nella sua giovinezza nella squadra giovanile del Brescia Calcio. Nel 1992 è passato alla sua prima squadra professionistica, il CPR Ospitaletto. Ha giocato per tre anni in questa squadra, fino al 1995 quando è tornato al Brescia Calcio, dove avrebbe poi firmato un contratto di dieci anni. Durante i primi sette anni è stato un titolare fisso nel Brescia, ma a partire dal 2002 ha iniziato a essere prestato ad altre squadre. Ha giocato infine dal 2002 al 2005 in tre squadre di Serie A stabilite: l'AC Parma, l'US Palermo e la Lazio Roma, in cui ha giocato regolarmente. Nel 2005 è stato trasferito a Treviso; quando la squadra è retrocessa in Serie B, Filippini è passato al FC Bologna, che giocava anch'esso in Serie B, e ha disputato solo poche partite nella stagione 2006/07.
Nell'estate del 2007 è stato annunciato il passaggio di Emanuele Filippini alla AS Livorno. Il suo fratello gemello Antonio giocava già in questa squadra, con il quale aveva già condiviso molti anni della sua carriera. Nell'estate del 2009, il centrocampista ha annunciato il suo ritiro dall'attività di giocatore attivo all'età di 36 anni. Nel gennaio 2010 è stato nominato vice allenatore delle giovanili del Brescia Calcio, insieme al collega Omar Danesi, con cui Filippini allena.