Jonathan Bachini (5 giugno 1975 a Livorno) è un ex calciatore italiano. Il centrocampista è stato anche giocatore della nazionale italiana.
Ha iniziato la sua carriera all'Udinese Calcio. Tra il 1994 e il 1997 è stato prestato a squadre di terza e seconda divisione come Alessandria, Juve Stabia e Lecce. Dal 1997 al 1999 è stato poi titolare all'Udinese nella Serie A. Successivamente si è trasferito alla Juventus, ma è stato impiegato solo sporadicamente e nel 2001 è stato prestato al Brescia. Altre squadre in cui ha giocato sono il Parma FC, di nuovo il Brescia e l'AC Siena. Nel 2004 è risultato positivo a un test antidoping per la cocaina ed è stato squalificato per nove mesi. Dopo un secondo caso di cocaina, nel 2006 è stato squalificato a vita.
Bachini è stato convocato due volte nella nazionale italiana nel 1998.