Jonathan Pablo Bottinelli (14 settembre 1984 a Buenos Aires) è un calciatore argentino di origine italiana.
Il difensore centrale, a volte impiegato anche come terzino sinistro, proviene dal settore giovanile del CA San Lorenzo de Almagro. Nel 2004 è riuscito a entrare in prima squadra. In seguito, Bottinelli è diventato il capitano della squadra.
Bottinelli ha avuto un grande contributo nella vittoria della Clausura 2007, il decimo titolo di campione del San Lorenzo. A seguito di ciò, è stato corteggiato dal Betis Siviglia e dal rivale cittadino FC Siviglia, ma il trasferimento non è andato in porto. Infine, nell'agosto 2008 è passato alla Sampdoria di Genova. Successivamente è stato prestato al suo vecchio club CA San Lorenzo de Almagro e poi è tornato indietro. Ha giocato per il San Lorenzo fino a metà del 2012, quando ha avuto l'opportunità di passare al River Plate. Mentre nella stagione 2012/13 era ancora un titolare, nella Apertura 2013 è stato utilizzato solo cinque volte.
All'inizio del 2014, Bottinelli si trasferì in prestito al CD Universidad Católica in Cile. Lì, concluse la Clausura 2014 come vicecampione con la sua squadra. Successivamente, fece ritorno al River Plate, che lo trasferì al Club León in Messico nell'agosto del 2014. Dopo una stagione, il suo contratto non fu rinnovato e rimase senza squadra per sei mesi, fino a quando si unì all'Arsenal de Sarandí nel gennaio 2016. A partire dalla metà del 2017, giocò per il concorrente di lega Unión de Santa Fe.
Il 19 aprile 2007, Bottinelli ha disputato la sua prima partita internazionale per la Nazionale argentina contro il Cile. Nella primavera del 2011, ha giocato in altri due incontri amichevoli contro il Paraguay e la Polonia.