La finale di Super Cup tra Anderlecht e Zulte-Waregem si è svolta allo Stadio Lotto Park il 20 dicembre 2006. Sotto la guida dell'allenatore Frank Vercauteren, l'Anderlecht è uscito vittorioso, ma Zulte-Waregem ha dato filo da torcere.
Nell'ottavo minuto di gioco, L. Van Steenbrugghe del Zulte-Waregem ha ricevuto un cartellino giallo. L'Anderlecht ha trovato l'apertura del punteggio al minuto 35, con un gol di A. Hassan. Il primo tempo si è concluso con l'Anderlecht in vantaggio per 1-0.
All'inizio del secondo tempo, il Zulte-Waregem ha apportato due sostituzioni, con T. Matthys che ha rimpiazzato B. Buysse e Cédric Roussel che ha preso il posto di J. Gonzalez-Vigil. Anche l'Anderlecht ha effettuato una sostituzione, con Wouter Vandendriessche che ha preso il posto di Mohammed Aliyu Datti.
Poco dopo l'inizio del secondo tempo, il Zulte-Waregem ha pareggiato il punteggio al minuto 50 grazie a un gol di Wouter Vandendriessche. Tuttavia, l'Anderlecht non si è lasciato abbattere e ha continuato a lottare.
Al minuto 58, l'Anderlecht ha effettuato due sostituzioni, con S. Siani che ha preso il posto di O. Oladapo e S. Allagui che ha sostituito R. Lamah. Poi, al minuto 61, Yves Vanderhaeghe ha rimpiazzato Lucas Biglia.
La svolta decisiva della partita è arrivata al minuto 77, quando l'Anderlecht ha segnato il secondo gol con R. Juhász, portandosi in vantaggio per 2-1. Nonostante i tentativi del Zulte-Waregem di riportarsi in parità, l'Anderlecht ha difeso bene e ha mantenuto il vantaggio fino alla fine.
Nell'83esimo minuto, il Zulte-Waregem ha effettuato una sostituzione, con Giuseppe Riolo che ha rimpiazzato L. Van Steenbrugghe. Poi, all'86esimo minuto, Vadis Odjidja-Ofoe ha preso il posto di C. Leiva nell'Anderlecht. Nel frattempo, l'Anderlecht ha effettuato la loro ultima sostituzione, con N. Frutos che ha rimpiazzato A. Hassan.
Nel finale della partita, all'ultimo minuto dei tempi regolamentari, S. Siani dell'Anderlecht ha segnato il terzo gol, portando il punteggio finale a 3-1 a favore dell'Anderlecht. Infine, nel tempo di recupero, Bakary Saré ha sostituito B. Goor nell'Anderlecht.
Con questa vittoria, l'Anderlecht si è laureato campione della Super Cup 2006, dimostrando il potenziale della squadra sotto la guida di Frank Vercauteren. Nonostante la sconfitta, il Zulte-Waregem ha mostrato una buona prestazione e ha combattuto fino alla fine.