Marijo Strahonja (21 agosto 1975 a Zagabria) è un ex arbitro di calcio croato.
Strahonja ha diretto un totale di 124 partite nella prima lega di calcio croata, dalla stagione 2002/03 alla stagione 2015/16.
Dal 2004 al 2015, Strahonja è stato sulla lista degli arbitri della FIFA e ha diretto partite internazionali di calcio. Dall'ottobre 2008 al dicembre 2015, ha arbitrato un totale di 17 partite in Europa League e sei partite in Champions League. Inoltre, ha arbitrato partite nelle qualificazioni per il Campionato Europeo 2012 e il Campionato Europeo 2016, nelle qualificazioni europee per i Mondiali del 2010 in Sudafrica e del 2014 in Brasile, oltre a incontri amichevoli.
Nel Campionato Europeo Under-17 del 2004 in Francia, Strahonja ha arbitrato tre partite, tra cui la partita per il terzo posto. Nel Campionato Europeo Under-21 del 2011 in Danimarca, Strahonja ha arbitrato due partite del girone.