Danil Prutsev inizia la sua carriera calcistica nel 2017/18 con il Chertanovo nella 2. Division B. In questa stagione gioca 12 partite, segnando un gol e ricevendo un cartellino giallo. Partecipa anche alla coppa, disputando una partita.
Nella stagione successiva, nel 2018/19, Prutsev continua a giocare con il Chertanovo, questa volta nella FNL. In questa stagione gioca 18 partite, segnando un gol e ricevendo un cartellino giallo. Partecipa anche alla coppa, giocando due partite.
Nella stagione 2019/20, Prutsev si trasferisce al Chertanovo. In questa stagione gioca 26 partite nella FNL, ricevendo 6 cartellini gialli. Partecipa anche alla coppa, disputando due partite.
Nella stagione successiva, nel 2020/21, Prutsev si unisce al Krylia Sovetov, dove gioca 6 partite nella FNL e dà un assist. Partecipa anche alla coppa, giocando una partita. Successivamente si trasferisce al Sochi, dove gioca 20 partite in Premier League e riceve 3 cartellini gialli. Partecipa anche alla coppa, disputando una partita.
Nella stagione 2021/22, Prutsev continua a giocare con il Sochi, giocando 17 partite in Premier League e ricevendo 4 cartellini gialli. Partecipa anche alla coppa, giocando due partite. Successivamente si trasferisce allo Spartak Moskva, giocando 5 partite nella Premier League.
Nella stagione 2022/23, Prutsev continua a giocare con lo Spartak Moskva, disputando 27 partite in Premier League e segnando un gol. Inoltre, fornisce 5 assist e riceve 4 cartellini gialli. Partecipa anche alla coppa, giocando 10 partite e segnando un gol. Gioca anche nella Super Cup.
Nella stagione 2023/24, Prutsev continua a giocare con lo Spartak Moskva e partecipa alla Coppa, giocando una partita.
In sintesi, Danil Prutsev ha avuto una carriera calcistica in crescita, passando da squadre di livello inferiore a club più prestigiosi come lo Spartak Moskva. Ha dimostrato un buon rendimento nelle sfide disputate, segnando diversi gol e fornendo assist importanti. Ha anche dimostrato una certa disciplina, ricevendo un numero limitato di cartellini gialli.
