Gilmar ha avuto una ricca e variopinta carriera nel mondo del calcio, passando per molte squadre di diverse leghe e campionati. Iniziando dalla sua prima stagione nel 2002/03, ha giocato 19 partite e segnato un gol con il Vitória nel campionato brasiliano di Serie A. Ha anche ricevuto due cartellini gialli durante quella stagione.
Nella stagione seguente, Gilmar ha giocato 20 partite e segnato un gol ancora una volta con il Vitória nella Serie A. Ha dimostrato di essere un giocatore disciplinato, ricevendo solo un cartellino giallo.
Nel 2005/06, Gilmar ha avuto una breve esperienza con il Santos FC, giocando solo una partita nel campionato brasiliano di Serie A.
La stagione 2006/07 ha visto Gilmar fare una breve parentesi in Giappone, giocando per il Tokyo Verdy nella J2 League e poi passando al Yokohama nella J1 League. Ha giocato solo alcune partite con entrambe le squadre.
Tornato in Brasile, nella stagione 2007/08, Gilmar ha giocato per il Náutico nella Serie A, disputando 23 partite e segnando 5 gol. Durante quella stagione ha ricevuto 4 cartellini gialli e un cartellino rosso.
Nel 2008/09, Gilmar è rimasto con il Náutico nella Serie A e ha continuato a mostrare il suo talento, giocando 21 partite e segnando 10 gol. Ha anche ricevuto un cartellino giallo.
La stagione successiva, nel 2009/10, ha avuto una breve esperienza all'estero, giocando per il Guingamp in Francia. Ha giocato 22 partite e segnato 5 gol nella Ligue 2, mentre ha partecipato a due partite di Coupe de la Ligue e tre partite di Coupe de Francia.
Sempre nella stagione 2009/10, Gilmar è tornato in Brasile per giocare due partite e segnare due gol con il Grêmio Barueri nella Serie A.
Gilmar è rimasto in Europa anche per la stagione 2010/11, giocando per il Criciuma nel campionato brasiliano di Serie B, dove ha giocato 25 partite e segnato 3 gol. Ha anche partecipato a due partite di Copa do Brasile con il Criciuma, segnando un gol.
Nel 2011/12, Gilmar ha giocato due partite con l'Avaí nel Qatarinense 1. Successivamente, si è trasferito al ABC, dove ha giocato 11 partite e segnato 2 gol nel Potiguar, 10 partite nella Serie B brasiliana e quattro partite di Copa do Brasile.
Nella stagione 2012/13, Gilmar ha avuto una breve parentesi con l'Oeste nel Paulista A1, giocando 12 partite e segnando 2 gol, mentre con il ABC ha giocato 11 partite nella Serie B brasiliana, segnato 3 gol, dato 4 assist e ricevuto 3 cartellini gialli.
Nel 2013/14, Gilmar ha giocato 10 partite con il ABC nella Serie B brasiliana, prima di passare al Náutico per la stagione successiva. Con il Náutico, ha giocato 21 partite e segnato 1
