Nicolas Penner ha iniziato la sua carriera calcistica nel 2017/18, giocando nel Campionato Nazionale Under-17 con la squadra giovanile della Juventus. Durante quell'anno, ha partecipato a 23 partite, mettendo in mostra il suo talento e dimostrando di essere promettente.
Nella stagione successiva, nel 2018/19, Penner è stato promosso in prima squadra ed è stato incluso nella rosa della Juventus U19 per il Campionato Primavera 1. Durante quella stagione, ha giocato 4 partite e ha segnato un gol che ha contribuito alla vittoria della sua squadra. Inoltre, ha partecipato anche alla UEFA Youth League, giocando 2 partite.
Nel 2019/20, Penner ha continuato la sua esperienza con la Juventus U19, giocando una partita sia nella UEFA Youth League che nel Campionato Primavera 1.
Successivamente, nel 2021/22, Penner ha avuto l'opportunità di giocare 5 partite nella Czech First Division con la squadra České Budějovice.
Nella stagione successiva, nel 2022/23, ha giocato sia nella 3. Liga con la squadra České Budějovice II, dove ha partecipato a 7 partite, segnando un gol e fornendo un assist, che nella Czech First Division con la squadra České Budějovice, dove ha giocato 19 partite e ha ricevuto 2 cartellini gialli e un cartellino rosso. Inoltre, ha preso parte anche alla Czech Cup, disputando 5 partite con la squadra.
Nel 2023/24, Penner è stato trasferito alla squadra del Slovan Liberec, dove ha giocato nell'3. Liga e nella Czech First Division. Con il Slovan Liberec II, ha giocato 4 partite e ha ricevuto un cartellino giallo. Ha anche giocato una partita nella Czech Cup con il Slovan Liberec.
La carriera di Nicolas Penner è caratterizzata da diversi successi nelle competizioni giovanili e dall'esperienza di giocare sia in Lighe minori che nelle prime divisioni. Ha dimostrato il suo talento attraverso i gol segnati e gli assist forniti e continua a crescere e migliorare come calciatore.