Danijel Ljuboja è stato un calciatore di successo che ha collezionato numerosi traguardi nella sua carriera. Il suo debutto avvenne il 11 settembre 1998 con la squadra del Sochaux nella Ligue 1 Uber Eats. Da allora si mise subito in luce, segnando il suo primo goal ufficiale il 31 ottobre 1998 e la sua prima doppietta poco dopo. Continuò a distinguersi anche nelle competizioni della Coupe de la Ligue e della Coupe de Francia, esordendo in entrambe il 9 e il 24 gennaio 1999.
Ljuboja dimostrò la sua costanza e la sua abilità nel calcio anche nella Ligue 2, esordendo in questa categoria il 31 luglio 1999. Dopo aver disputato 50 partite con il Sochaux, il 16 novembre 1999, segnò la sua prima tripletta il 15 aprile 2000.
Successivamente, il calciatore si trasferì al Strasbourg, dove esordì il 28 luglio 2000 e fece il suo debutto nella Supercoppa il 19 luglio 2001. Il 20 settembre 2001, Ljuboja fece il suo esordio anche nell'Europa League. Durante il suo periodo con il Strasbourg, raggiunse anche il traguardo delle 100 partite il 4 dicembre 2002.
Nel 2003, Ljuboja fece il suo esordio con la squadra nazionale della Serbia e Montenegro, disputando le qualificazioni per il Campionato Europeo e segnando il suo primo gol internazionale il 11 ottobre 2003. Nel 2004 passò al PSG, dove segnò il suo primo goal con la nuova squadra il 7 febbraio 2004. Con il PSG, partecipò alla UEFA Champions League e alle qualificazioni per la Coppa del Mondo.
Nel 2005, Ljuboja si trasferì allo Stuttgart, dove esordì in Bundesliga il 10 settembre 2005. Segnò il suo primo goal con il nuovo club il 20 ottobre 2005 e partecipò alla DFB Pokal. La sua esperienza con lo Stuttgart lo portò anche a partecipare alla Coppa del Mondo nel 2006, giocando per la squadra nazionale della Serbia.
Nel 2006, Ljuboja si trasferì all'Hamburger SV, dove esordì il 9 settembre 2006 e segnò il suo primo goal con la squadra il giorno successivo. Continuò a giocare anche con la squadra riserve, esordendo nella Regionalliga il 18 febbraio 2007. Successivamente, nel 2008, si unì alla squadra del Wolfsburg, esordendo il 30 gennaio e segnando il suo primo goal il 22 marzo. Con il Wolfsburg disputò la Bundesliga e partecipò alla UEFA Intertoto Cup e all'Europa League.
Dopo una breve parentesi con la squadra del Grenoble nel 2009, Ljuboja si trasferì al Nice nel 2010, segnando il suo primo goal con la nuova squadra il 25 settembre. Nel dicembre dello stesso anno raggiunse il traguardo delle 200 partite in Ligue 1 Uber Eats. Nel 2011 si unì alla squadra del Legia Warszawa, esordendo il 28 luglio e segnando il suo primo goal il 12 agosto. Con il Legia Warszawa partecipò alla Ekstraklasa e alla Coppa.
La sua carriera proseguì con il Lens nel 2013, dove esordì il 4 agosto e raggiunse le 100 partite in Ligue 2 il 8 marzo 2014. Questi sono solo alcuni dei successi che Danijel Ljuboja ha ottenuto nel corso della sua carriera, dimostrando le sue abilità e il suo talento nel calcio.
