Debutto, Esordio per squadra, Esordio in categoria |
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 Teuta Durrës Cup |
19 anni |
23 Ottobre 2013 |
Esordio in categoria |
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 Kategoria Superiore |
19 anni |
8 Dicembre 2013 |
Esordio per squadra, Esordio in categoria |
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 Albania U21 U21 EC Qualifying |
20 anni |
5 Marzo 2014 |
Primo goal ufficiale, Primo goal in squadra |
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| Teuta Durrës |
20 anni |
30 Aprile 2014 |
Esordio per squadra, Esordio in categoria |
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 Besa Kavajë 1st Division |
20 anni |
27 Settembre 2014 |
100 partite |
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| Teuta Durrës |
24 anni |
10 Febbraio 2019 |
Esordio in categoria |
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 Q. Europa League |
25 anni |
11 Luglio 2019 |
100 partite |
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| Kategoria Superiore |
26 anni |
16 Febbraio 2020 |
Esordio in categoria |
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 Super Cup |
26 anni |
31 Agosto 2020 |
Esordio in categoria |
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 Conference League qualifiers |
27 anni |
27 Luglio 2021 |
Esordio per squadra |
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 SC Gjilani |
28 anni |
7 Luglio 2022 |
Esordio in categoria |
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 Super League |
28 anni |
24 Agosto 2022 |
Esordio per squadra |
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 Flamurtari Vlorë |
28 anni |
11 Febbraio 2023 |
Primo goal in squadra |
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| Flamurtari Vlorë |
29 anni |
4 Marzo 2023 |
Fabjan Beqja ha iniziato la sua carriera calcistica con il Teuta Durrës il 23 ottobre 2013, quando ha debuttato nella Coppa. Poi, il 8 dicembre dello stesso anno, ha fatto il suo esordio nella Kategoria Superiore.
Successivamente, il 5 marzo 2014, Beqja ha esordito nella nazionale Albanese U21, durante le qualificazioni al Campionato Europeo Under 21.
Il 30 aprile 2014 ha segnato il suo primo gol ufficiale con la maglia del Teuta Durrës.
Il 27 settembre 2014, Fabjan Beqja ha fatto il suo esordio con il Besa Kavajë nella 1ª Divisione.
Il 10 febbraio 2019 ha raggiunto le 100 presenze con il Teuta Durrës.
Successivamente, il 11 luglio 2019, Beqja ha fatto il suo esordio nella UEFA Europa League.
Il 16 febbraio 2020, ha raggiunto le 100 presenze nella Kategoria Superiore.
Il 31 agosto 2020 ha esordito nella Super Cup.
Il 27 luglio 2021 ha fatto il suo esordio nelle qualificazioni per la Conference League.
Il 7 luglio 2022, Beqja ha unirsi alla squadra del SC Gjilani.
Il 24 agosto 2022 ha esordito nella Super League.
Il 11 febbraio 2023, si è trasferito al Flamurtari Vlorë, dove ha segnato il suo primo gol con la nuova squadra il 4 marzo 2023.
