Debutto, Esordio per squadra, Esordio in categoria |
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 FC Zürich Sub 18 II Schweizer U18-Cup |
16 anni |
24 Marzo 2016 |
Primo goal ufficiale, Esordio per squadra, Primo goal in squadra, Esordio in categoria |
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 FC Zürich Sub 17Liga Svizzera Sub 17 |
16 anni |
5 Giugno 2016 |
Prima doppietta |
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| FC Zürich Sub 17 |
16 anni |
17 Settembre 2016 |
Esordio per squadra, Esordio in categoria |
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 FC Zürich Sub 18Svizzera League U18 |
16 anni |
15 Ottobre 2016 |
Primo goal in squadra |
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| FC Zürich Sub 18 |
16 anni |
12 Novembre 2016 |
Esordio per squadra, Esordio in categoria |
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 FC Zurich II 1. Liga Promotion |
17 anni |
10 Ottobre 2017 |
Primo tripletta |
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| FC Zürich Sub 18 |
17 anni |
28 Ottobre 2017 |
Primo goal in squadra |
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| FC Zurich II |
18 anni |
25 Agosto 2018 |
Esordio per squadra, Esordio in categoria |
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 Hoffenheim Sub 19 A-Junioren Bundesliga |
18 anni |
15 Settembre 2018 |
Primo goal in squadra |
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| Hoffenheim Sub 19 |
18 anni |
22 Settembre 2018 |
Esordio per squadra, Esordio in categoria |
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 Svizzera U19s U19 EC Qualifying |
18 anni |
10 Ottobre 2018 |
Esordio in categoria |
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 UEFA Youth League |
18 anni |
23 Ottobre 2018 |
Esordio per squadra, Esordio in categoria |
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 Hoffenheim II Regionalliga |
19 anni |
13 Marzo 2019 |
Esordio per squadra, Esordio in categoria |
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 FC Wil Challenge League |
19 anni |
20 Luglio 2019 |
Primo goal in squadra |
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| FC Wil |
19 anni |
3 Agosto 2019 |
Primo goal in squadra, Esordio per squadra, Primo goal internazionale, Esordio in categoria |
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 Svizzera U21 U21 EC Qualifying |
19 anni |
10 Settembre 2019 |
Esordio in categoria |
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 Cup |
19 anni |
14 Settembre 2019 |
Esordio per squadra, Esordio in categoria |
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 Sion Super League |
20 anni |
26 Gennaio 2020 |
Primo goal in squadra |
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| Sion |
20 anni |
28 Luglio 2020 |
Esordio per squadra |
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 Aarau |
20 anni |
16 Ottobre 2020 |
Primo goal in squadra |
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| Aarau |
20 anni |
19 Ottobre 2020 |
50 partite |
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| Challenge League |
21 anni |
20 Maggio 2021 |
50 partite |
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| Sion |
22 anni |
24 Luglio 2022 |
50 partite |
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| Super League |
22 anni |
7 Agosto 2022 |
Esordio per squadra, Esordio in categoria |
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 Darmstadt 98 2. Bundesliga |
23 anni |
3 Febbraio 2023 |
Esordio in categoria |
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 DFB Pokal |
23 anni |
7 Febbraio 2023 |
Primo goal in squadra |
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| Darmstadt 98 |
23 anni |
25 Febbraio 2023 |
Esordio in categoria |
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 UEFA EC U21 |
23 anni |
22 Giugno 2023 |
Esordio in categoria |
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 Bundesliga |
23 anni |
20 Agosto 2023 |
Esordio per squadra, Primo goal in squadra |
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 Kaiserslautern |
24 anni |
26 Gennaio 2024 |
Filip Stojilkovic ha iniziato la sua carriera calcistica con il FC Zürich Sub 18 II il 24 marzo 2016, partecipando al Schweizer U18-Cup. Successivamente, il 5 giugno 2016, ha esordito nella squadra FC Zürich Sub 17 e ha segnato il suo primo gol ufficiale nella Liga Svizzera Sub 17. Il 17 settembre 2016 ha ottenuto la sua prima doppietta indossando ancora una volta la maglia del FC Zürich Sub 17.
Il 15 ottobre 2016, Stojilkovic ha fatto il suo esordio nella squadra FC Zürich Sub 18 durante la Svizzera League U18. Il 12 novembre 2016 ha segnato il suo primo gol in questa squadra. Successivamente, il 10 ottobre 2017, Filip ha fatto il suo esordio nella squadra FC Zurich II, nel 1. Liga Promotion. Ha segnato il suo primo tripletta con il FC Zürich Sub 18 il 28 ottobre 2017.
Il 25 agosto 2018, ha segnato il suo primo gol con la maglia del FC Zurich II. Pochi giorni dopo, il 15 settembre 2018, ha fatto il suo esordio nella squadra Hoffenheim Sub 19 e ha segnato il suo primo gol in questa squadra il 22 settembre 2018.
Il 10 ottobre 2018, Stojilkovic ha fatto il suo esordio nella squadra nazionale svizzera Under 19 durante le qualificazioni all'Europeo Under 19 e nello stesso mese, il 23 ottobre 2018, ha esordito anche nella UEFA Youth League.
Il 13 marzo 2019 ha debuttato nella squadra Hoffenheim II nel Regionalliga, mentre il 20 luglio 2019 ha esordito nel FC Wil in Challenge League, segnando il suo primo gol con questa squadra il 3 agosto 2019.
Il 10 settembre 2019, ha fatto il suo esordio nella squadra nazionale svizzera Under 21 e ha segnato il suo primo gol internazionale nello stesso match delle qualificazioni all'Europeo Under 21. Successivamente, il 14 settembre 2019, ha esordito nella Coppa nazionale.
Il 26 gennaio 2020, Stojilkovic ha fatto il suo esordio nella Super League svizzera con la maglia del Sion, segnando il suo primo gol in questa squadra il 28 luglio 2020. Successivamente, il 16 ottobre 2020, ha fatto il suo esordio nella squadra Aarau, segnando il suo primo gol con questa squadra il 19 ottobre 2020.
Il 20 maggio 2021, ha raggiunto il traguardo delle 50 partite nella Challenge League. Il 24 luglio 2022 ha raggiunto il traguardo delle 50 partite anche con la maglia del Sion nella Super League. Infine, il 7 agosto 2022 ha disputato la sua 50ª partita in Super League.
Il 3 febbraio 2023 ha fatto il suo esordio nella squadra Darmstadt 98 nella 2. Bundesliga, mentre il 7 febbraio 2023 ha esordito nella DFB Pokal. Il 25 febbraio 2023 ha segnato il suo primo gol con la maglia del Darmstadt 98.
Il 22 giugno 2023 ha fatto il suo esordio nella UEFA EC Under 21.
