Vladimir Stojković è stato un calciatore di grande successo nel corso della sua carriera. Ha debuttato professionalmente il 16 luglio 2003 con la squadra del Leotar, disputando le qualificazioni della UEFA Champions League. Da quel momento in poi, ha iniziato a collezionare una serie di successi ed esordi in varie categorie e squadre.
Il 3 settembre 2004, ha fatto il suo esordio con la squadra della Serbia e Montenegro Under-21, durante le qualificazioni per l'Europeo di categoria. Successivamente, il 25 agosto 2005, ha debuttato con il Crvena Zvezda nelle qualificazioni dell'Europa League.
Il 29 settembre 2005 ha fatto il suo esordio nella categoria dell'Europa League, mentre il 23 maggio 2006 ha debuttato nell'Under-21 della Serbia nella fase finale del Campionato Europeo di categoria.
Il 4 agosto 2006 ha fatto il suo esordio nella Ligue 1 Uber Eats con la maglia del Nantes, mentre il 2 settembre 2006 ha debuttato con la nazionale maggiore della Serbia nelle qualificazioni per il Campionato Europeo.
Il 19 settembre 2006 ha esordito anche in Coupe de la Ligue con il Nantes. Successivamente, il 3 marzo 2007, ha debuttato nella Eredivisie con il Vitesse.
Il 9 maggio 2007 ha disputato i playoff dell'Intertoto Cup, segnando un altro importante esordio nella sua carriera. L'11 agosto 2007 ha debuttato con lo Sporting CP nella Supercoppa portoghese, e il 17 agosto dello stesso anno ha esordito in Primeira Liga.
Il 19 settembre 2007 è arrivato il suo esordio nella UEFA Champions League, mentre il 19 gennaio 2008 ha esordito nella Taça de Portogallo con la squadra portoghese.
L'11 agosto 2012, durante un match con il Partizan Belgrade, Vladimir Stojković ha segnato il suo primo goal ufficiale. Poco dopo, il 4 settembre 2010 ha fatto il suo esordio nella Super Liga con la stessa squadra.
Ha continuato ad accumulare successi e milestone nella sua carriera. Ha esordiato con diverse squadre in diverse categorie come Ergotelis in Super League, Maccabi Haifa in Ligat Ha'al e Nottingham Forest nel Championship.
Ha disputato la sua 50esima partita con il Maccabi Haifa l'8 novembre 2015 e ha raggiunto il traguardo delle 150 partite nella Super Liga il 27 ottobre 2019. Ha continuato a giocare e a raggiungere traguardi importanti come le 250 partite con il Partizan Belgrade il 16 aprile 2021.
Recentemente, ha fatto il suo esordio nella Conference League qualifiers il 22 luglio 2021 e si è trasferito all'Al-Fayha, debuttando nella Pro League il 11 agosto dello stesso anno. Ha inoltre debuttato nella Champions Cup il 21 dicembre 2021 e nella Super Cup il 26 gennaio 2023.
Il 23 febbraio 2023 ha raggiunto la sua 50esima partita con l'Al-Fayha e il 28 aprile dello stesso anno ha raggiunto le 50 partite nella Pro League. La carriera di Vladimir Stojković è stata caratterizzata da numerosi successi e ha continuato a collezionare esperienze importanti nel mondo del calcio.
