Il primo trasferimento nella carriera di Fabian Pernstich avvenne il 1 luglio 2009, quando si trasferì dalla squadra giovanile del Hohenems al Hohenems senior team. Questo trasferimento rappresentò un importante passo nella sua giovane carriera, poiché gli consentì di fare il salto tra le formazioni giovanili e la squadra principale, aprendo le porte a nuove opportunità e sfide. Fabian dimostrò subito il suo valore e si fece notare per le sue abilità tecniche e la sua visione di gioco, diventando presto un giocatore chiave per il Hohenems. Il suo talento non tardò ad attirare l'attenzione di altre squadre, portando a futuri trasferimenti che avrebbero continuato a plasmare la sua carriera nel mondo del calcio.
