Veljko Paunovic è un calciatore che ha avuto una carriera ricca di successi. Il suo primo successo arriva il 3 settembre 1995, quando fa il suo debutto con l'Atlético Marbella nella Segunda divisione. Pochi giorni dopo, il 7 settembre, segna il suo primo goal ufficiale con l'Atlético Marbella nella Copa del Rey, confermando così il suo esordio in categoria.
Nel corso della sua carriera, Paunovic ha avuto numerosi momenti di gloria. Il 5 gennaio 1997 fa il suo esordio con l'Atlético Madrid nella Liga spagnola, segnando il suo primo goal con la squadra il 12 gennaio dello stesso anno. Poco dopo, il 5 marzo, fa il suo debutto nella UEFA Champions League.
Nel corso degli anni, Paunovic ha lasciato il suo segno anche in altre squadre. Ha giocato con il Mallorca, esordendo il 18 ottobre 1998 e segnando il suo primo goal con la squadra nello stesso giorno. Ha fatto il suo esordio in categoria nella Cup Winners Cup il 22 ottobre dello stesso anno.
Nel corso della sua carriera, Paunovic ha continuato ad accumulare successi. Ha giocato per il Getafe, segnando il suo primo goal con la squadra il 23 ottobre 2005 e raggiungendo le 200 partite in LaLiga EA Sports l'17 dicembre 2006. Ha anche giocato nel Rubin Kazan, segnando il suo primo goal con la squadra il 25 agosto 2007, e nell'Almería, segnando il suo primo goal il 7 maggio 2008.
Nel 2011, Paunovic ha fatto il suo debutto nella Major League Soccer con i Philadelphia Union, segnando il suo primo goal con la squadra il 26 giugno dello stesso anno.
Veljko Paunovic ha dimostrato di essere un calciatore di successo nel corso della sua carriera. Con una serie di esordi, goal e partite importanti in varie squadre e categorie, Paunovic ha lasciato un segno indelebile nel mondo del calcio.